一般而言，大学内部事务可以分为学术事务和非学术事务(或行政事务)。与此相对应，大学内部存在着两大并行的权力系统。一种是以行政管理组织结构为网络的行政权力系统，另一种是以教授、专家、学者为核心，以学术组织为主体的学术权力系统。行政权力扎根于权力授予，来自组织的委派或任命，突出照章办事和等级服从，主要通过行政命令和指示自上而下贯彻执行，具有整体性、层次性和强制性，其价值定位是保障大学组织目标的实现，保证教育方针和办学思想得以落实。学术权力是学术组织及学术人员通过各种途径管理学术事务的权力，它不是外部赋予的，而是大学的内在要求，是大学本质特性的外化，主要依靠学者基于学术构建的权威对客体产生影响，具有松散性、非强制性、自下而上等特点，其价值追求是保证学术标准得以贯彻，学者所从事的学科得以发展，学术人员的学术权力得以保障。大学的行政管理和学术管理协调匹配、共同作用，才能保证大学在整体稳定有序的状态下不断发展和提高。一所大学组建后，行政权力便相应产生。随着大学职能日益多样化，大学组织的复杂性增强，对行政权力的依赖性加剧，使得行政权力在行使中不断强化。而学术权力的产生和培育相对缓慢，其权威性的树立需要较长时间，其有效履行的组织保障和制度保障均明显弱于行政权力，经常受到行政权力的挤压，这在客观上容易导致大学内部管理的行政成分更重一些。
大学内部的行政权力和学术权力都有其存在的合理性，关键是把它们协调好，不能相互之间出现越位、错位或失位。现在的突出问题是，行政权力对于学术事务干预比较多，行政权力在很大程度上决定着学术资源的调配，甚至以行政决策代替学术决策。解决这一问题，一要进一步明确行政权力和学术权力的界限，严格限制行政权力放大或对学术权力进行干预;二要确立学术本位的观念和意识，充分尊重学者与学术组织在学术事务决策中的作用，高度重视并切实发挥学术权力在学术管理活动中的主导作用，积极营造尊重学术的大学文化;三要强化学术民主制度建设，健全校务委员会、学术委员会、学位委员会、教学委员会等相关制度，保障学术人员能充分参与大学管理和决策，切实享有对学术事务的主导权;四要充分保障大学教师和学生权益，完善“以教师为主体的教职工代表大会”制度，明确规定教代会的职责并确定学者代表的比例，使教代会的组成真正反映高校各种利益群体的要求，将教职工参与学校民主管理和监督的权力落到实处，同时也要高度重视学生群体对学校事务的参与;五要改善大学行政管理方式方法，克服官僚主义作风，尽快实现大学行政管理从官本位向学术本位转变，从以行政管理为主导的高度集中的管理模式向行政管理与学术管理相结合的管理模式的转变。总之，就是要推动学校行政管理部门能够真正以教师、学生和学术为中心，主动为教学和科研服务，做到行政权力和学术权力相互匹配、相互协调、相互制约、相辅相成。